Les harkis avaient été près de 180 000 à choisir le camp de la France. Ils furent massacrés par milliers au moment de l'indépendance et abandonnés par la métropole.
A l'origine, les harkis sont les membres d'une unité d'auxiliaires musulmans de statut 2... civil rattachée à une unité militaire française en Algérie. Par extension, le mot désigne aujourd'hui tous les supplétifs musulmans, et même tous les  Français musulmans qui ont servi sous le drapeau français pendant la guerre d'Algérie.
En fait, il faut distinguer les militaires, engagés ou appelés et les diverses catégories de supplétifs : Groupes mobiles de protection rurale puis de sécurité, moghaznis (gardes armés des Sections administratives spécialisées), harkis proprement dits, Unités territoriales et Groupes d'autodéfense. Leur nombre a culminé à la fin de 1960 autour de 180 000 hommes, soit beaucoup plus que l'effectif maximum atteint par l'ALN en janvier 1958 (60 000 hommes selon les militaires français, 90 000 selon l'historien algérien Mohammed Teguia).
Ces nombres ont servi à prouver que la grande majorité des musulmans algériens avaient choisi le camp français ; mais l'inégalité en sens inverse des pertes des deux camps jusqu'au 19 mars 1962 dément cette interprétation. Les motivations des harkis ne sont pas moins controversées. Les partisans de l'Algérie française continuent de les glorifier comme des modèles de patriotisme français et l'Algérie de les dénigrer comme des traîtres à leur patrie. Pourtant, les motifs de leur engagement turent très variés.
Le colonel Schoen, qui s'occupa de leur réinsertion en France, les classait en trois catégories par ordre de fréquence décroissante : la solde, le désir de se venger des injustices et des violences du FLN, enfin le loyalisme envers la France ou le patriotisme français. Leur combativité fut tout aussi diversement appréciée : certains furent accusés de collusion secrète avec les rebelles, et d'autres de brutalité ou de cruauté envers leurs prisonniers.
En 1958 et 1959, l'armée française intensifia le recrutement des appelés et des supplétifs musulmans pour utiliser leur connaissance du terrain et de la population, pour accélérer le ralliement de celle-ci, et pour faire nombre, au moment où les classes creuses de 1939 à 1945 diminuaient celui des appelés métropolitains. Mais quand le gouvernement français entama des négociations avec le FLN, il freina le mouvement. Dès la conclusion de l'accord préliminaire des Rousses (février 1962), il publia un plan de réduction des effectifs militaires et de licenciement des supplétifs. Les harkis devaient choisir entre le retour à la vie civile avec prime, un contrat provisoire de six mois de personnel civil des armées, ou un engagement dans l'armée dans la limite des places disponibles. Ils pouvaient demander à être transférés en France. Mais la grande majorité des supplétifs préféra être licenciée sur place.

Les accords d'Évian avaient promis une amnistie générale pour tous les actes de guerre commis avant le cessez-le-feu, et la liberté de circuler entre l'Algérie et la France. Mais tôt ou tard, et surtout dans les mois d'anarchie et de lutte pour le pouvoir qui suivirent la proclamation de l'indépendance, des milliers d'anciens supplétifs ou soldats de l'armée française furent victimes de massacres effroyables qui se voulaient un châtiment exemplaire. Les estimations de leur bilan continuent de varier en fonction des opinions de leurs auteurs, entre 10 000 mort et 150 000 morts.
Le gouvernement français, obnubilé par la crainte de faire le jeu de l'OAS, avait interdit en mai 1962 les initiatives d'officiers qui tentaient de transférer leurs anciens subordonnés en métropole, et ordonné leur refoulement. Il organisa le transfert des harkis menacés, recueillis dans les camps militaires à partir de juin 1962, tout en tentant de limiter leur admission. Cependant, 43 000 réfugiés furent évacués d'Algérie par l'armée française entre 1962 et 1970 (dont la moitié en 1962). Le recensement de 1968 a compté 85 000 Français musulmans nés en Algérie.